Su gestión en el área de Defensa quedó marcada por hechos de fuerte impacto: el caso Carrasco, que produjo la eliminación del servicio militar obligatorio, y el contrabando de armas a Croacia y Ecuador
El indulto a los comandantes condenados por delitos de lesa humanidad y el envío de tropas al Golfo Pérsico, en un alineamiento con los Estados Unidos, fueron las primeras medidas resonantes en la política militar de Carlos Menem. Marcó así un giro respecto de su antecesor Raúl Alfonsín, pero no pudo evitar el malestar de las Fuerzas Armadas por haber mantenido un estrecho presupuesto.
Sin embargo, su gestión en el área de Defensa quedó marcada por otros dos hechos de fuerte impacto: el caso Carrasco, que produjo la eliminación del servicio militar obligatorio, y el contrabando de armas a Croacia y Ecuador, que derivó en la condena y posterior absolución del propio Menem por considerarse vencido el "plazo razonable" que la Justicia espera para una sentencia.
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La política de "reconciliación" se instrumentó en dos tramos. En octubre de 1989, cuatro decretos indultaron a 220 militares y 70 civiles, entre oficiales y suboficiales procesados no beneficiados por las leyes de obediencia debida y punto final, dirigentes guerrilleros, carapintadas y los jefes militares que habían sido condenada por la Guerra de Malvinas: Leopoldo Galtieri, Jorge Isaac Anaya y Basilio Lami Dozo.
El impacto mayor fue en diciembre de 1990, con los indultos a los excomandantes Jorge Rafael Videla, Emilio Eduardo Massera, Orlando Ramón Agosti, Roberto Viola y Armando Lambruschini, quienes recuperaron su libertad, al igual que Ramón Camps, Guillermo Suárez Mason y Mario Firmenich.
"Los indultos habían sido una promesa de campaña, pero interesaban más a los retirados. Abrió la expectativa de que se venían tiempos mejores, pero en concreto Menem no les dio presupuesto a las Fuerzas Armadas", razonó ante LA NACION una fuente que conoce el pensamiento castrense.
Menem designó ministro de Defensa al excandidato presidencial Ítalo Argentino Luder, una figura moderada del peronismo. Y al frente del Ejército asumió el general Isidro Cáceres, cuyo nombre había sido incluido por los carapintadas en sus demandas a Alfonsín en los levantamientos de 1987, liderados por Aldo Rico y Mohamed Alí Seineldín.
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Tres días después de su triunfo electoral, en mayo de 1989, Menem se reunió en privado con el coronel Seineldín, fuera del cuartel en el que el militar se encontraba detenido, y allí surgieron los nombres de Luder y del general Cáceres. El nexo para el encuentro fue el dirigente peronista César Arias. Se presume que hubo más de una reunión y que allí se tejieron el acuerdo para el indulto de los carapintadas, concretado en octubre de ese año, y la promesa de un ascenso de Seineldín a general y su posterior nombramiento al frente de una brigada especial contra el narcotráfico con dependencia directa del presidente. Estos dos últimos puntos no se concretaron y el líder carapintada encabezó, en diciembre de 1990, una nueva rebelión militar, con combates sangrientos en el regimiento Patricios, que dejaron 14 muertos.
En un área inestable y con continuos cambios, Menem tuvo seis ministros de Defensa. A Luder le siguieron Humberto Romero (un año), Guido Di Tella (dos meses), Antonio Erman González (dos años y ocho meses), Oscar Camilión (casi tres años) y Jorge Domínguez (tres años).
El general Martín Balza, combatiente de Malvinas, fue la figura militar de mayor proyección en la gestión de Menem. Ocho años jefe del Ejército, entre noviembre de 1991 y diciembre de 1999, dio un paso audaz, muy criticado por sus camaradas, al proclamar por TV -en abril de 1995- una autocrítica por las responsabilidades del Ejército en las violaciones de los derechos humanos durante la dictadura militar. "Delinque quien vulnera la Constitución nacional. Delinque quien imparte órdenes inmorales. Delinque quien para cumplir un fin que cree justo emplea medios injustos e inmorales", fue una de sus frases en el programa de Bernardo Neustadt.
También marcó un antes y un después la muerte del soldado Omar Carrasco, en marzo de 1994, en una unidad militar de Zapala, adonde se había incorporado como conscripto tres días antes. Sus superiores lo habían sometido a duros castigos y ocultaron su cuerpo dentro del cuartel. Apareció casi un mes después y hubo maniobras de encubrimiento que causaron conmoción en la opinión pública.
En una reunión con los altos mandos de las Fuerzas Armadas, Menem les comunicó la decisión de suprimir el servicio militar obligatorio, lo que sorprendió a los generales Balza y Mario Cándido Díaz, que conducía el Estado Mayor Conjunto. En rigor de verdad, el decreto "suspendió" la conscripción, por lo cual otra norma de igual rango podría volver a instaurarla.
Así, un despliegue territorial militar para 6100 oficiales, 23.000 suboficiales y 120.000 conscriptos se convirtió en un Ejército "profesional", con una tropa de 19.000 soldados voluntarios. Lo que Chile y Brasil comenzaron a reformular en pasos graduales Menem lo hizo de un día para el otro. "Quedó una estructura que aún hoy tiene muchos caciques y pocos indios", graficó un observador castrense.
Las restricciones económicas llevaron también al desmantelamiento del portaaviones 25 de Mayo, el único que poseía la Argentina, lo que generó malestar en la Armada. En 1997, Menem ordenó el pase de la Prefectura y la Gendarmería, que dependían de Defensa, al Ministerio del Interior. Hoy funcionan en el área de Seguridad.
Al mismo tiempo que las Fuerzas Armadas participaban en misiones de paz en Haití, Chipre, Croacia y Bosnia-Herzegovina, el gobierno de Menem vendió armas a Croacia en medio de la guerra de los Balcanes, y a Ecuador, que enfrentaba un conflicto armado con Perú. Para encubrir las operaciones, recurrió a decretos secretos que regulaban ventas ficticias a Panamá y a Venezuela.
El gobierno envió a Croacia más de seis millones de armamentos (60.000 fusiles livianos, 8000 fusiles pesados, 65.000 pistolas, 30 cañones pesados, miles de morteros y ametralladoras y 200 toneladas de pólvora, entre otras), por más de 300 millones de dólares. En el caso de las armas a Ecuador, además de violar la condición de país garante de la paz con Perú, la Argentina entregó 125 morteros, 3450 minas terrestres antipersonales, 2300 minas terrestres antitanques, 54.000 granadas y 5000 fusiles, entre un cuantioso armamento, muchos obsoletos y con municiones vencidas. El escándalo se agravó con la posterior explosión de la Fábrica Militar de Río Tercero, en noviembre de 1995, que causó siete muertos y 300 heridos, además de cuantiosos daños. La Justicia determinó que el móvil fue el encubrimiento del contrabando de armas a Ecuador y Croacia.